지식정보화 시대에 글로벌 인재를 양성하기 위해서 초등컴퓨터분야에서 현장의 실무를 겸한 초등 컴퓨터 교육전문가를 양성하는 것을 목표로 한다. 구체적인 목표는 다음과 같다. 첫 번째는 컴퓨터 과학의 기본 이론을 연구하여 초등학교 현장에 바로 적용할 수 있는 연구 및 교수 방법론, 평가 방법론을 교육학고 실무 연구하는 것이다. 두 번째는 컴퓨터 과학을 초등학교 각 교과에서 활용하는 컴퓨터 활용 교육의 기본 이론을 연구하여 초등학교 현장에 바로 적용할 수 있는 연구와 수업 및 교수 방법론과 평가 방법론을 교육하고 실무 연구하는 것이다. 세 번째는 초등학교 현장에서 각종 지식 정보화 요소들의 이론과 활용 방법에 대해서 연구하고 초등학교 정보화 시스템을 학습하고 실무 경험을 익히는 것이다. 네 번째는 최신 정보 기술들을 활용하여 초등학교 교육에 활용할 수 있는 교수 및 연구 방법론과 평가 방법론을 학습하고 실무를 할 수 있는 능력을 배양하는 것이다.
초등컴퓨터교육 전문가를 양성하기 위해서 컴퓨터 과학의 이론을 기반으로 현장에서 바로 적용할 수 있는 컴퓨터 활용 교육 이론은 강의 중심으로 진행하고, 세미나 및 관련기관과의 협조를 통하여 현장 실무에 대한 효과를 극대화하도록 운영한다. 초등컴퓨터교육의 이론 탐구와 교육 방법의 원리 탐구를 하고, 이를 적용할 수 있는 수업 모형을 개발하고, 컴퓨터 과학 내용 탐구, 다양한 컴퓨터 교육을 위한 교수학습자료 개발 등을 할 수 있도록 운영한다. 석사 학위과정중에 국내 학술 대회 논문 발표 및 논문게재와 해외학술대회 발표를 적극적으로 장려한다. 초등 컴퓨터 교육과정은 전공 교수회의에서 학생들의 의견을 수렴하여 수시로 개정할 수 있게 한다.
초등컴퓨터교육 전공이 석사과정은 분리, 박사과정은 초등생활과학교육과 통합하여 운영하므로 교육과정은 석사과정에 필수 과목을 두고, 박사과정에서는 세부전공별 선택할 수 있는 선택 과목을 두어 석박사과정의 연계성을 유지하며 통합적으로 운영될 수 있도록 한다.
기존 특수대학원은 교사들의 연수 성격이 강했으나, 본 교육전문대학원은 초등컴퓨터교사의 전문성을 확보할 수 있도록 하였으며, 기존 교과에서 초등학교 현장의 전문성을 강조하기 위해서 현장 실무 교육위주로 개편하여 초등학교에서 컴퓨터 교육학 정립에 기반이 된다는 데에 차별성이 있다. 또한 실무 교과를 기반으로 각종 연구 논문을 작성할 수 있는 능력을 기르게 한다.